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細(xì)菌宏基因組解決方案

更新時(shí)間：2015-03-25   點(diǎn)擊次數(shù)：2790次

針對(duì)30個(gè)小鼠腸道菌群和炎癥性腸病的關(guān)聯(lián)性研究，我們采用目前zui常用的宏基因組數(shù)據(jù)分析流程。【圖1】




首先，去除原始數(shù)據(jù)中的低質(zhì)量的測(cè)序片段，以及可能來自于小鼠的片段，獲得高質(zhì)量的小鼠腸道菌群序列。將高質(zhì)量序列比對(duì)到NCBI的2,382個(gè)微生



圖1 宏基因組分析流程


物的無冗余混合基因組上，對(duì)比對(duì)上的測(cè)序片段進(jìn)行統(tǒng)計(jì)，獲得不同物種的比對(duì)豐度。大約有30%左右的測(cè)序片段可以比對(duì)到NCBI標(biāo)準(zhǔn)參考基因組上，而大約70%的片段可能來自于未知的物種，或者是微生物基因組的未知區(qū)域。其次，

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